بخش 5 در طبقه سوم ساختمان بیمارستان خاتم در ضلع شمال غربی و در مجاورت بخش های 4 ،6A و 6B واقع شده که دارای 17 تخت بستری بوده که از این تعداد 8 اتاق دو تخته و یک اتاق یک تخته می باشد. تجهیزات بالای هر تخت شامل کنسولی است که دارای فلومتر Oxygen برای هر تخت، یک ساکشن مشترک برای دو تخت، محل قرار گرفتن کارت بالای سر بیمار، محل قرار گرفتن ترمومتر و چراغ مطالعه می باشد. اهم تجهیزات پزشکی بخش 5 شامل ست معاینه (حاوی افتالموسکوپ و اتوسکوپ)، الکترو شوک، الکتروکاردیوگراف، پمپ سرم، پمپ سرنگ، ساکشن پرتابل، کپسول اکسیژن همراه با مانومتر پرتابل، فشار سنج، گوشی معاینه، وزنه، نگاتوسکوپ، ویلچر و برانکارد، نگاتوسکوپ و نرس کال می باشد. بیمارانی که در بخش 5 بستری می گردند شامل کلیه جراحی های عمومی و اختصاصی از جمله جراحی های مری، معده، روده کوچک، روده بزرگ و ویپل، جراحی های عروق شامل پیوند عروق اندام ها، اندآرترکتومی کاروتید، انوریسم های توراسیک، آئورت شکمی، آنوریسم عروق اندام های تحتانی جراحی های بزرگ مثانه، کلیه، حالب و مجاری ادرار، جراحی های عروق مغزی، تومور های مغز، تومور های نخاع و مشکلات عروقی آن، جراحی های ستون فقرات، لگن، زانو و اندام ها، جراحی های ترمیمی مثل شکستگی های استخوان جمجمه و زیبایی مثل استئوتومی فک و ... می باشد.